질의법인이 쟁점 수탁사업을 수행하면서 공급한 재화 또는 용역이 조특법 제106조 제1항에 따른 부가가치세 면제대상인지 여부

정부업무대행단체인 한국수산자원공단이 ｢수산자원관리법｣ §55의2③에 따른 사업을 국가등으로부터 위탁받아 대행하는 경우 면세되나 그 외 사업을 대행하는 경우에는 과세되는 것으로, 어디에 해당하는지는 주무부처의 사실확인이 필요한 사항임

[회신] ｢수산자원관리법｣에 따라 설립된 한국수산자원공단이 같은 법 제55조의2제3항에 따른 사업을 국가‧지방자치단체(이하 “국가등”)로부터 위탁받아 대행하는 경우 ｢조세특례제한법｣제106조제1항제6호 및 같은 법 시행령 제106조에 따라 2021.4.1. 이후 공급분부터 부가가치세가 면제되는 것이나 ｢수산자원관리법｣제55조의2제3항 외의 사업을 위탁받아 대행하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것으로, 귀 질의의 경우 당해 수탁사업이 수산자원관리법 제55조의2제3항에서 규정한 사업에 해당하는지는 사실확인이 필요한 사항입니다. 1. 사실관계 ○ AA공단(이하 “신청공단”)은 수산자원관리 사업 수행 등을 위하여 ｢수산자원관리법｣에 따라 설립된 법인이며 ’21.2.17. ｢조세특례제한법 시행령｣의 개정으로 정부업무대행단체에 지정됨 ○ 이에 따라 신청공단이 ｢수산자원관리법｣ §55의2 ③의 사업 중 국가‧지방자치단체의 업무를 대행‧위탁받아 수행하는 사업은 ’21.4.1. 이후 공급분부터 면세로 전환됨 ○ 신청인은 해양수산부, 환경부 등과 협약을 맺고 아래의 수탁사업 (이하 “쟁점 수탁사업”이라 함)을 수행하기로 함 | 수탁사업 | 관련 법령 | 협약기관 | | 연안어업실태조사 | 연근해어업구조개선법 제4조 | 해수부, 지자체 | | 해양공간 계획평가 운영·관리 | 해양공간계획법 제4조 | 해수부 | | 강원동해안EEZ해역 해양공간관리계획마련 | 해양공간계획법 제4조 | 해수부 | | 소비자 참여 수산자원 관리연구 | - | 국립수산과학원 | | 부산어촌화특화지원센터 | 어촌특화발전법 제28조의2 | 해수부 | | 베트남연안수산자원조성관리모델구축 | - | 해수부 | | 연구교습어장 환경조사 | - | 인천 수산기술지원센터 | | 낙동강연어자연성회복연구 | | 환경부 | 2. 질의내용 ○ 질의법인이 쟁점 수탁사업을 수행하면서 공급한 재화 또는 용역이 조특법 제106조 제1항에 따른 부가가치세 면제대상인지 여부 3. 관련법령 ○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 ○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. <단서생략> 6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 58. ｢수산자원관리법｣ 제55조의2 에 따른 한국수산자원공단 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다.다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제45조제1호 에도 불구하고 적용한다. 1. 소매업‧음식점업‧숙박업‧욕탕업 및 예식장업 2. ｢부가가치세법 시행령｣ 제3조제2항 에 규정된 사업 3. 부동산임대업 4. 골프장‧스키장 및 기타 운동시설 운영업 5. 수상오락서비스업 6. 유원지‧테마파크운영업 7. 주차장운영업 및 자동차견인업 ○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조 【부가가치세의 면제등】 ② 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다. ○ 조세특례제한법 시행규칙 별표10 [정부업무대행단체의 면세사업] | 단체명 | 면세사업 | | 58. ｢수산자원관리법｣ 제55조의2 에 따른 한국수산자원공단 | ｢수산자원관리법｣ 제55조의2제3항 에 따른 사업 중 국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하거나 그 위탁을 받아 수행하는 사업. 다만, ｢수산업법｣ 제45조제3항 에 따른 연구어업 및 교습어업은 제외한다. | ○ 조세특례제한법 시행령 부칙 <제31444호, 2021.2.17> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제58호‧제59호 및 제115조제3항부터 제19항까지의 개정규정은 2021년 4월 1일부터 시행하고, 제104조의5제7항 및 제110조제1항의 개정규정은 2021년 7월 1일부터 시행하며, 제84조의 개정규정은 2023년 1월 1일부터 시행하고, 별표 6 제2호 아목의 개정규정은 2021년 6월 23일부터 시행한다. 제11조(정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역의 부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조제7항제58호 및 제59호의 개정규정은 2021년 4월 1일 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용한다. ○ 수산자원관리법 제2조 【정의】 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 2. "수산자원관리"란 수산자원의 보호‧회복 및 조성 등의 행위를 말한다. 5. "바다목장"이란 일정한 해역에 수산자원조성을 위한 시설을 종합적으로 설치하고 수산종자를 방류하는 등 수산자원을 조성한 후 체계적으로 관리하여 이를 포획‧채취하는 장소를 말한다. ○ 수산자원관리법 제55조의2 【한국수산자원공단】 ① 정부는 수산자원을 보호‧육성하고 어장관리 및 기술을 연구‧개발‧보급하는 등 수산자원관리 사업을 원활히 수행하기 위하여 한국수산자원공단(이하 "공단"이라 한다)을 설립‧운영한다. ③ 공단은 다음 각 호의 사업을 수행한다. <단서생략> 1. 인공어초‧바다숲‧바다목장의 조성과 수산종자의 방류 등 수산자원조성사업 2. 수산자원조성사업과 관련되는 기술개발, 대상해역 적지조사, 생태환경조사, 사후관리 및 효과분석 등 기초연구사업 3. 수산자원의 관리를 위한 총허용어획량 조사사업 및 기후 온난화 관련 현장지원사업 4. 수산자원관리를 촉진하기 위하여 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 하는 사업(제3조제5호에 따른 ｢내수면어업법｣의 내수면 수산자원조성사업을 포함한다) 5. 그 밖에 수산자원관리를 위하여 대통령령으로 정하는 사업 ○ 수산자원관리법 제47조의3 【공단의 사업】 법 제55조의2제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다. 1. 수산자원의 생태체험 및 이용사업 2. 수산자원 브랜드의 가치 제고 및 관련 시설 운영 사업 3. 수산자원관리 사업에 필요한 외국과의 교류‧협력사업 4. 수산자원 정보화사업 ○ 해양공간계획 및 관리에 관한 법률 제20조 【해양공간계획평가 전문기관의 지정 등】 ① 해양수산부장관은 해양공간정보의 통합적 관리 및 해양공간 관리에 관한 업무를 효율적으로 추진하기 위하여 전문기관을 지정할 수 있으며, 전문기관의 업무 수행을 위하여 필요한 비용을 예산의 범위에서 지원할 수 있다.